Великая небесная стена / Tengoku Daimakyou — 1 сезон, 13 серия

Лучше действительно читать мангу. Там хотя бы после каждый главы есть график кто кому приходится из персонажей и кто кем является.

Дальше спойлеры. Читайте на свой страх и риск.

Все что происходит в Академии это прошлое, все что в постапоке - настоящее.

Бабка действительно выращивала себе детей для пересадки своего мозга. Она хотела создать "Рай" поставив производство таких детей с идеальными телами и операциями по пересадки мозгов на поток, параллельно устроив апокалипсис не дав сбить летевший на Землю огромный астероид. Но все пошло не по плану.

Пацан это ребенок двух детей из Академии. Сеструхе мозг брата пересадил выживший ученый из Академии. Вон тот что в этой серии с раной на голове.
В 55 главе манги он самоубьется так ничего и не объяснив героям.

Все монстры встреченные нашими героями являются мертвыми детьми из Академии, который так или иначе умерли до начала путешествия главных героев. Как? Тела детей из Академии мутируют после их смерти превращаясь в тех монстров, которых нарисовал один из детей Академии.

Так ничего и не объяснили. Придется ждать второй сезон. Может это и прошлое, до катастрофы, а детей этих выращивали из каких-то инопланетных организмов и потом ИИ сбрендил и выпустил этих мутантов на волю и они попали в наш мир и после этого произошла та самая катастрофа, а эти детишки как раз стали теми самыми монстрами. Зачем их выращивали не понятно, то ли эта бабка хотела вечно жить и тело себе выращивала, чтоб мозги пересадить. Сложно понять что вообще хотели сделать. Остаётся только гадать.